در سال ۱۹۳۹ با شروع جنگ لیگ فوتبال و جام حذفی متوقف شدند اما یک سری مسابقات دیگر برگزار می‌شد که رسمی نبودند و به «جام جنگ» مشهور شدند.

آلمان به لهستان حمله کرد و با اعلام جنگ در تاریخ ۳ سپتامبر جام حذفی متوقف شد. چند بازی دوستانه توسط باشگاه‌ها انجام شد اما پس از چندی مجددا عطش فوتبال رقابتی باعث شد تا وزارت کشور با تغییر ساختار فوتبال موافقت کند. ۱۲ باشگاه از جمله استون‌ویلا و دربی کانتی به دلیل نام‌نویسی تعداد زیادی از بازیکنانشان برای نیروهای مسلح از فوتبال کنار رفتند. ۸۲ باشگاه باقی ماندند و در ۱۰ لیگ منطقه‌ای توزیع شدند و فوتبال رقابتی انگلیس در تاریخ ۲۸ اکتبر آغاز شد. محدودیت‌هایی در ابتدا در نظر گرفته شد مثلا اینکه جمعیت هواداران محدود به ۸۰۰۰ نفر باشد و شعاع ۵۰ مایلی برای هر بازی در نظر گرفته شود، هرچند به مرور زمان این محدودیت‌ها کمتر شد.

در آوریل ۱۹۴۰ در کنار لیگ‌های مختلف، جام جنگ معرفی شد. ۱۳۷ بازی تنها در عرض ۹ هفته به صورت فشرده انجام شد. محدودیت تعداد هواداران هم برداشته شد و ۴۲۳۹۹ نفر در روز فینال شاهد پیروزی وستهام بر بلکبرن بودند. حتی تعدادی از سربازای که از شمال فرانسه نجات یافته بودند هم در این مسابقات شرکت کردند و همین موضوع باعث افزایش امید و انگیزه مردم شد.

در فصل ۱۹۴۱-۱۹۴۰ بریتانیا درگیر عملیات هوایی بود و بمباران‌ها علاوه بر تلفات جانی، آسیب زیادی به خیلی از زمین‌های فوتبال زد. کاونتری و شفیلد بمباران شدند و جاده هایفیلد به اندازه‌ای آسیب دید که کاونتری سیتی مجبور شد از لیگ خارج شود. شفیلدیونایتد هم مجبور شد تا در هیلزبورو بازی کند.

هایبری تبدیل به پایگاهی برای حملات هوایی شد و در نتیجه آرسنال مجبور شد در وایت‌هارت‌لین بازی کند. ورزشگاه اولدترافورد هم در ماه مارس ۱۹۴۱ آسیب دید و بازسازی‌اش هشت و نیم سال طول کشید.
لیگ فوتبال به دو منطقه شمالی و جنوبی تقسیم شد و به دلیل اینکه تعداد بازی‌های باشگاه‌ها با هم تفاوت داشت، جدول به جای امتیاز بر اساس میانگین گل‌ها تنظیم می‌شد. چسترفیلد با ۶ بازی بیشتر امتیاز بیشتری کسب کرده بود اما پرستون درنهایت قهرمان لیگ شد.

اما جام جنگ تنها رقابت جدید و جدی آن روزها نبود. در ژانویه ۱۹۴۱ مسابقات «جام جنگ لندن» با حضور ۱۲ باشگاه آغاز شد و لیگ و سایر باشگاه‌های جنوبی از این اتفاق ناراضی بودند چراکه در آن حضور نداشتند. ردینگ به طرز عجیبی در این لیگ حاضر بود و در نهایت با شکست برنتفورد قهرمان شد.

پس از جداسازی آن ۱۲ باشگاه، در فصل ۱۹۴۲-۱۹۴۱ باشگاه‌های لندن تصمیم گرفتند به تنهایی با یک لیگ دیگر پیش بروند و باشگاه‌های شورشی توسط لیگ فوتبال اخراج شدند. آرسنال قهرمان لیگ شد و برنتفورد در فینال جام لندن برنده شد.

لیگ فوتبال در سالهای ۱۹۴۲-۱۹۴۳ دوباره کنترل اوضاع را به دست گرفت و باشگاه‌های لندن را پذیرفت و لیگ ۱۸ باشگاهی جنوب هم تشکیل شد. در این هنگام تیم‌های آماتور هم تشکیل شدند و در لیگ حضور یافتند. لیورپول در بهار ۱۹۴۳ قهرمان لیگ شمال شد و تیم آماتور لاولز نائب قهرمان شد.

در فصل ۱۹۴۴-۱۹۴۳ تیم‌های آماتور پیشرفت خوبی کرده بودند و تیم بَث سیتی در بهار ۱۹۴۴ قهرمان لیگ شمالی شد. پس از پایان جنگ هر دو باشگاه آماتور از لیگ بیرون فرستاده شدند و باشگاه لاولز در سال ۱۹۶۹ منحل شد.

فصل ۱۹۴۵-۱۹۴۴ آخرین فصل زمان جنگ بود و تعداد تماشاگران بسیار افزایش یافت. فینال لیگ جنوبی در ومبلی بین میلوال و چلسی با حدود ۹۰۰۰۰ تماشاگر رکورد بزرگترین تعداد تماشاگران در زمان جنگ برای یک بازی باشگاهی را از آن خود کرد.

لیگ فوتبال در سالهای ۱۹۴۶-۱۹۴۵ تقریبا به وضعیت نرمال بازگشت. تعداد تماشاگران روز به روز بیشتر می‌شد و جام حذفی مجددا معرفی شد.